Біологічні студії - Studia Biologica

English version Українська версія

Biol Studii 2016; 10(3): 5-16

Експериментальні роботи

Молекулярний докінг нанорозмірного матеріалу діоксиду титану із зовнішньоклітинною частиною ГАМКБ-рецептора

А. М. Науменко1, О. Ю. Нипорко1, О. В. Цимбалюк1, Н. Є. Нурищенко2, І. С. Войтешенко1, Т. Л. Давидовська1

1 Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Інститут високих технологій
вул. Володимирська, 64, Київ 01601, Україна
e-mail: ganna.naumenko@gmail.com
2 Навчально-науковий центр “Інститут біології та медицини”
просп. Академіка Глушкова, 2, Київ 03127, Україна

Резюме

Сконструйовано просторову модель нанорозмірного матеріалу діоксиду титану за допомогою програми Discovery Studio Visualizer версій 2.0, 2.5, проведено пошук і аналіз можливих сайтів його зв’язування із зовнішньоклітинною частиною субодиниці ГАМКБ1а рецептора ГАМКБ за допомогою алгоритму для молекулярного докінгу PatchDock. Розміри поверхні одержаної наночастинки ТіО2 становили (18,925 × 3,785 × 19,028) Å. Встановлено чотири потенційно можливі сайти зв’язу­вання ТіО2 із зовнішньоклітинною частиною субодиниці ГАМКБ1а рецептора ГАМКБ. Наночастинці ТіО2 була притаманна висока афінність зв’язування з одним із сайтів рецептора зі значенням параметра оцінки комплементарності геометричної форми 12562, в інших сайтах приймаючи значення: 10746; 10370; 10204. Орієнтовна площа інтерфейсу комплексу зовнішньоклітинної частини субодиниці ГАМКБ1а рецептора ГАМКБ з діоксидом титану для сайту з найбільшим значенням параметра оцінки комп­­лементарності геометричної форми становила 1949,80 Å, а для інших – 1273,20 Å, 1261,10 Å та 1170,30 Å, відповідно. Розрахунки енергій атомного контакту підтвердили, що для сайтів зв’язування наночастинки ТіО2 ця енергія набуває таких значень: 362,92; 173,93; 340,63 та 224,61. Проаналізовано характер зв’язків, які стабілізують сайти зв’язування ТіО2 із зовнішньоклітинною частиною субодиниці ГАМКБ1а рецептора ГАМКБ відповідно до їхнього амінокислотного складу.

Ключові слова: наночастинки ТіО2, ГАМКБ рецептор, молекулярний докінг, PatchDock

Повний текст: (PDF)