Біоінформатика
Тип: Нормативний
Кафедра: генетики та біотехнології
Опис курсу
Станом на літо 2023 року в біомедичних базах даних є інформація про гени більше 400 000 організмів,або більш ніж 21 трильйон пар нуклеотидів (п.н.). Це колосальна кількість інформації про генетичну основу життя, і її кількість невпинно зростає. Нуклеотидні послідовності не мають змісту доти, доки дослідник його не визначить, як-от здатність кодувати білок, бути промотором тощо. Систематичний аналіз усього масиву даних експериментальними методами нереалістичний як економічно так і технологічно. Розширення таких баз даних стимулювало розвиток методів комп’ютерного аналізу нуклеотидних і амінокислотних послідовностей (НАП). Ці методи допомогли упорядкувати дані у межах різних спеціалізованих веб-сервісів і класифікувати їх відповідно до різних критеріїв і потреб дослідників. Однак найважливішим результатом синтезу молекулярної біології, геноміки, інформатики, комп’ютерних технологій і статистики – біоінформатики – стало те, що ця нова галузь перетворилася у самостійне знаряддя наукового відкриття. Курс “Біоінформатика” включає розділи, присвячені структурам баз даних; попарному і множинному вирівнюванню НАП; моделям, що узагальнюють множинні вирівнювання; основам філогенетичної реконструкції на основі; передбаченню функцій генів і пошукові мотивів у НАП; передбаченню тривимірних структур білків; аналізові молекул РНК.
Рекомендована література
- Осташ Б.О. Біоінформатика: аналіз генетичних послідовностей. Електронний підручник. Видавничий центр ЛНУ ім. Івана Франка, 2022, 232 стор. ISBN 978-617-10-0729-1. Доступ онлайн: http://dspace.lnulibrary.lviv.ua/handle/123456789/169
- Higgs PG, Attwood TK. Bionformatics and Molecular Evolution. Blackwell Publishing, Oxford, 2005. 398 p. ISBN 1–4051–0683–2.
- Durbin R, Eddy S, Krogh A, Mitchison G. Biological Sequence Analysis. Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, Cambridge, 1998. 371 p. ISBN-13 978-0-521-62971-3
- Borodovsky M, Ekisheva S. Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press, Cambridge, 2006. 362 p. ISBN-13 978-0-521-61230-2
- Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins, 2nd Ed / AD Baxevanis, BFF Ouellette. – New York: John Wiley & Sons, 2001. – 455 p.
- Allman ES, Rhodes JA. Mathematical Models in Biology. An Introduction. Cambridge University Press, Cambridge, 2003. 386 p.
- Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 3rd Wiley Blackwell, London. – 2015- 1116 p. ISBN 978-1-118-58178-0.