Біоінформатика

Тип: Нормативний

Кафедра: генетики та біотехнології

Опис курсу

Станом на літо 2023 року в біомедичних базах даних є інформація про гени більше 400 000 організмів,або більш ніж 21 трильйон пар нуклеотидів (п.н.). Це колосальна кількість інформації про генетичну основу життя, і її кількість невпинно зростає. Нуклеотидні послідовності не мають змісту доти, доки дослідник його не визначить, як-от здатність кодувати білок, бути промотором тощо. Систематичний аналіз усього масиву даних експериментальними методами нереалістичний як економічно так і технологічно. Розширення таких баз даних стимулювало розвиток методів комп’ютерного аналізу нуклеотидних і амінокислотних послідовностей (НАП). Ці методи допомогли упорядкувати дані у межах різних спеціалізованих веб-сервісів і класифікувати їх відповідно до різних критеріїв і потреб дослідників. Однак найважливішим результатом синтезу молекулярної біології, геноміки, інформатики, комп’ютерних технологій  і статистики – біоінформатики – стало те, що ця нова галузь перетворилася у самостійне знаряддя наукового відкриття. Курс “Біоінформатика” включає розділи, присвячені структурам баз даних; попарному і множинному вирівнюванню НАП; моделям, що узагальнюють множинні вирівнювання; основам філогенетичної реконструкції на основі; передбаченню функцій генів і пошукові мотивів у НАП; передбаченню тривимірних структур білків; аналізові молекул РНК.

Рекомендована література

  1. Осташ Б.О. Біоінформатика: аналіз генетичних послідовностей. Електронний підручник. Видавничий центр ЛНУ ім. Івана Франка, 2022, 232 стор. ISBN 978-617-10-0729-1. Доступ онлайн: http://dspace.lnulibrary.lviv.ua/handle/123456789/169
  2. Higgs PG, Attwood TK. Bionformatics and Molecular Evolution. Blackwell Publishing, Oxford, 2005. 398 p. ISBN 1–4051–0683–2.
  3. Durbin R, Eddy S, Krogh A, Mitchison G. Biological Sequence Analysis. Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, Cambridge, 1998. 371 p. ISBN-13 978-0-521-62971-3
  4. Borodovsky M, Ekisheva S. Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press, Cambridge, 2006. 362 p. ISBN-13 978-0-521-61230-2
  5. Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins, 2nd Ed / AD Baxevanis, BFF Ouellette. – New York: John Wiley & Sons, 2001. – 455 p.
  6. Allman ES, Rhodes JA. Mathematical Models in Biology. An Introduction. Cambridge University Press, Cambridge, 2003. 386 p.
  7. Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 3rd Wiley Blackwell, London. – 2015- 1116 p. ISBN 978-1-118-58178-0.

 

Силабус: Біоінформатика

Завантажити силабус