Разом з ним працювала і його дружина професор Гелена Йозефа Кшемєнєвська (1878–1966), яка виділила й описала 13 нових видів міксобактерій, зробила значний внесок у їхню систематику. На її честь названо новий вид бактерій Cytophaga krzemiеniewskae (Р. Стейнієр, 1940). У 1941–1944 подружжя працювало у Протитифозному інституті Р. Вайґля.

Після демобілізації у 1918 р. Р. Вайґль повернувся на посаду асистента кафедри гістології та ембріології медичного відділення Львівського університету. У 1919 р. був скерований як паразитолог на
посаду керівника великої лабораторії в Перемишлі для дослідження висипного тифу, де розпочав свої фундаментальні дослідження цього захворювання. Досягнувши значних успіхів у цій сфері, він у 1920 р. займає посаду
професора, завідувача кафедри загальної біології медичного факультету Львівського університету. У рамках цієї кафедри було створено Інститут досліджень висипного тифу – широко відомий як Протитифозний інститут Р. Вайґля, яким професор керував до 1944 р.

Р. Вайґль уперше опрацював метод культивування та нагромадження
збудника висипного тифу, розробив метод специфічної лабораторної діагностики цього захворювання і в історію світової науки увійшов як творець вакцини проти висипного тифу. Йому вдалося налагодити промислове виробництво вакцини. Користуючись розробленим методом культивування збудника, Р. Вайґль дослідив інші види внутрішньоклітинних рикетсій, давши їм назву рикетсій Роха–Ліма; дослідив збудника щурячого висипного тифу і дав йому назву рикетсій Моозера. Вивчав біологічні властивості збудників лихоманки Скелястих гір, п’ятиденної (траншейної або волинської) лихоманки тощо. Р. Вайґль уперше розробив метод специфічної лабораторної діагностики висипного тифу – реакцію мікроаглютинації, яку лауреат Нобелівської премії Шарль Ніколь назвав реакцією Вайґля. Передумовою успіху Р. Вайґля були його надзвичайні здібності експериментатора. Важливе значення мав також попередній досвід роботи в галузі цитології і трансплантології, де одержані Р. Вайґлем досягнення можна було б оцінити як окремий вагомий внесок у ці розділи науки. Інститут Р. Вайгля став всесвітньо відомим
осередком європейської рикетсіології. Вакцина проти висипного тифу успішно застосовували в ендемічних вогнищах Європи, Африки, Азії. Р Вайґль на запрошення Ліги Націй у 1937 р. зробив цикл доповідей у Женеві про методи боротьби з висипним тифом, у 1939 р. мав доповіді у Швеції, виїздив до Ефіопії для налагодження виробництва вакцини. Ученого було висунуто на здобуття Нобелівської премії.

У 1940 р. на базі Інституту було створено Львівський санітарно-бактеріологічний інститут. На початку німецької окупації Львова, коли нацисти розстріляли 25 професорів і членів їхніх родин, Р. Вайгль прийняв непросте рішення: продовжити виробництво вакцини, в тому числі для німецької армії, щоби зберегти робочі місця та врятувати життя багатьом львівським науковцям. Він домігся у німецької влади права самостійно підбирати співробітників і брав на себе всю відповідальність за вчинені ними дії. У той час інститут почав розростатися. Завдяки працевлаштуванню у своїх лабораторіях професору Вайґлю вдалося, за сучасними оцінками, врятувати близько п’яти тисяч представників львівського наукового середовища, академічної та гімназійної молоді, а також учасників руху опору. Нехтуючи заборонами німецької влади, вакцину Вайґля нелегально розповсюджували для щеплення цивільного населення. Завдяки особистій мужності Р. Вайґля та інших працівників інституту, їхньому бажанню надати допомогу потребуючим, цей рятівний препарат нелегально потрапляв до цивільного населення, польського підпілля, постачався до концентраційних таборів, варшавського та львівського гетто.

З 2003 р. кафедра мікробіології започаткувала Міжнародну україно-польську конференцію, присвячену Р. Вайґлю, яка відбувається від того часу почергово в Україні та Польщі.

Питання медичної мікробіології були актуальними темами для досліджень у довоєнний період. Ян Тадеуш Ленартовіч (1877–1959) – декан медичного факультету (1931–1932), досліджував етіологію, патогенез і лікування гонореї, сифілісу, пухирчатки, саркоїдозу, туберкульозу шкіри, запропонував новий метод мікроскопічного виявлення блідої спірохети. Він уперше приживив збудника сифілісу людини мишам і запропонував метод лікування пухирчатки, перший описав харчовий алергодерматоз після споживання деяких видів рослин – атрипексіаз.

Молодий мікробіолог Ян Мєчислав Бадіян (1904– 1942) досліджував будову клітин бактерій, зокрема, міксобактерій, ціанобактерій, дріжджів, їхній розвиток. Він удосконалив техніку фарбування мікроорганізмів для виявлення ядерних структур і один із перших висловив припущення про наявність у бактерій нуклеоїда – аналога ядра еукаріот. Німецька куля обірвала життя талановитого вченого.

У 1939 р. кафедра мікробіології переведена у Львівський медичний інститут і тільки після війни, у 1946 р. відкрита заново на біологічному факультеті Львівського університету. До 1969 р. вона мала назву кафедри мікробіології та ґрунтознавства.

Завідував кафедрою у цей час (1945–1961) професор Литвинов Лев Самійлович (1901– 1963). У колі наукових інтересів працівників кафедри того часу перебували питання сільськогосподарської мікробіології: мінеральне живлення рослин, їхня стійкість до дії несприятливих чинників. На кафедрі розробляли методи отримання бактерійних добрив.

Цей напрямок продовжила розвивати Олександра Густавівна Гебгардт (1905– 1982), яка завідувала кафедрою у 1961–1969 рр. Під її керівництвом працівники кафедри досліджували азотофіксувальні бактерії, біосинтез вітамінів, розробляли технологію виготовлення бактерійних добрив. Було відкрито стимулювальний вплив метиленової синьки на ріст рослин.

Професор Шавловський був одним із організаторів створення Львівського відділення Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна АН УРСР, відділом якого він керував до кінця свого життя. Працю в науково-дослідному інституті професор Шавловський поєднував з педагогічною роботою. Відділ регуляції клітинного синтезу низькомолекулярних сполук став філіалом кафедри мікробіології Львівського державного університету ім. І. Франка. Співробітники відділу залучалися до педагогічної праці, а студенти мали змогу отримати належну фахову підготовку.

Під керівництвом завідувачів кафедри (1971–1981) доцента Дацюк Ніни Макарівни (народилася 1926 р.), а дещо пізніше доцента Кучераса Романа Васильовича (1934–2014), на кафедрі проводять дослідження з фізіології мікроорганізмів-продуцентів біологічно активних сполук, зокрема, продуцентів вітамінів В2 і В12, тетрапіролів (Кузнецова Р.О., Гудзь С.П., Коструба М.Ф., Рурик В.Д., Білінська І.С., Полулях О.В., Єлісеєв С.А., Подопригора О.І., Шах Є. С., Виговська, Т. В., Павлович Т.М.). Ці роботи мали велике практичне значення. Їхні результати були використані у промисловому ви­робництві вітамінів.

Професор Гудзь С.П. на початку ХХІ ст. започаткував дослідження участі мікроорганізмів у кругообігу сполук сульфуру (Коструба М.Ф., Баран І.М., Кіт Л.Я., Перетятко Т.Б., Горішний М.Б., Галушка А.А., Клим І.Р., Мороз О.М., Подопригора О.І.)

З 2014 р. кафедрою завідує професор Гнатуш Світлана Олексіївна (народилася 1965 р.)

Уперше проведено екологічний моніторинг сірко- і сульфатметаболізувальних бактерій у водоймах Яворівського та Роздільського сіркових родовищ, вивчено використання ними сполук сульфуру за різних умов, досліджено асиміляцію гідроген сульфіду пурпуровими та зеленими сірковими бактеріями. Удосконалено методики виділення й ідентифікації сіркометаболізувальних бактерій. Виділено з природних середовищ і задепоновано штами Desulfovibrio desulfuricans ІМВ К-6, Desulfuromonas acetoxidans ІМВ В-7384, Chlorobium limicola ІМВ К-8, вивчено питання їхньої аутекології. Досліджено фізіолого-біохімічні властивості мікроорганізмів, які забезпечують перетво­рення сполук сульфуру, за впливу солей важких металів. Одержано цікаві дані стосовно можливості засвоєння ними органічних сполук. Оригінальними є дослідження мікробного паливного елемента на основі Desulfuromonas acetoxidans ІМВ В-7384.

Досліджено процеси ферментативного та неферментативного відновлення окиснених форм металів сульфатвідновлювальними бактеріями та фактори, які впливають на цей процес. Описано низку штамів сульфатвідновлювальних бактерій, які використовують метали як кінцевий акцептор електронів. Узагальнено експериментальні й теоретичні дані про перспективи використання цих мікроорганізмів для очищення довкілля від важких металів. У дослідженнях акцентується увага на пошуках і застосуванні психрофільних штамів сульфатвідновлювальних бактерій у біоремедіаційних процесах.

Надзвичайно цікавими як у практичному, так і в теоретичному аспектах є роботи зі встановлення ролі мікроорганізмів у пошкодженні стародруків, творів мистецтва та пам’яток архітектури (Білінська І.С., Яворська Г.В.). Розпочато роботи з дослідження змін видового складу мікробіоти кишечника за впливу різних консервантів, які входять до складу лікарських засобів (Колісник Я.І., Скочиляс Н.Б., Литвин В.М.). Практичне значення мають дослідження впливу пестицидів на мікроорганізми природних біоценозів (Звір Г.І.)

Від 2012 р. розпочато роботи з дослідження мікробоценозів породних відвалів вугільних шахт (Гнатуш С.О., Дяків С.В., Мороз О.М., Перетятко Т.Б.) і встановлення ролі різних екологотрофічних груп мікроорганізмів у їхньому функціонуванні.

На сьогодні колектив кафедри відомий в Україні не тільки за науковими здобутками, а і за своїми підручниками та навчальними посібниками.

Щорічно кафедра мікробіології випускає фахівців-мікробіологів, які знаходять застосування своїх знань і на виробництві, і в діагностичних лабораторіях, і в науково-дослідних установах. Багато з них працюють на педагогічній роботі, очолюють кафедри провідних вузів. Кожен випускник вносить свою часточку в розвиток мікробіології, а відповідно – і в історію Львівського університету.